24 мая в голландском Буннике были представлены результаты почти четырехлетней работы JIT — международной следственной группы, в которую вошли специалисты из Нидерландов, Бельгии, Украины, Австралии и Малайзии. Они пришли к выводу, что «Бук» на момент происшествия стоял на вооружении 53-й курской зенитной ракетной бригады войск противовоздушной обороны Сухопутных войск Российской Федерации. По сведениям экспертов, конвой военной техники отправился в конце июня 2014 года с базы бригады в районе Курска. В его составе были по меньшей мере шесть «Буков». Одна из установок с номером 332 затем была отправлена на территорию Украины. Именно из нее, по версии следствия, был сбит «Боинг». 18 июля установка была возвращена на территорию России.
«Мы знаем, какая система была использована, но не знаем, кто управлял этим "Буком"», — заявил генпрокурор Нидерландов Фред Вестербеке. К соответствующему выводу специалисты пришли, проанализировав несколько десятков изображений с отличительными свойствами ракеты. Изучив код на ее остове, они пришли к выводу, что снаряд изготовлен на Долгопрудненском научно-производственном предприятии в 1986 году.
В остальном их версия неизменна: рейс MH17 малайзийских авиалиний был сбит 17 июля 2014 года системой ПВО «Бук» на территории Украины. Ракета 9М38 с боевой частью 9Н314М была запущена из района села Снежное, которое на тот момент находилось под контролем повстанцев.
«Следующий важнейший шаг — установление тех военнослужащих 53-й курской зенитной ракетной бригады ВС России, которые могут сказать конкретно, кто именно был связан с переброской и управлением "Буком"», — рассказал Reuters украинский генерал Василь Грицак, член JIT. В сентябре 2016-го следователи утверждали, что у них есть список около сотни подозреваемых, однако сейчас он сократился до нескольких десятков. «Мы подходим к последней стадии расследования», — констатировал Вестербеке. Он посетовал, что следствие обращалось к России за помощью и информацией о бригаде, однако Москва ничего не ответила.
Все продемонстрированные на презентации доказательства были получены из открытых источников — однако в JIT дали понять, что показали не все, — у них есть перехваченные переговоры, спутниковые снимки и показания множества свидетелей. Вестербеке пояснил, что пока не готов ответить на вопрос, кто виноват в случившемся и какими он руководствовался мотивами. По его словам, выяснением этих вопросов займется суд, которому и будут предъявлены все факты, не обнародованные в ходе пресс-конференции. «У нас есть убедительные доказательства, которые вполне пригодны для судебного заседания», — добавил Уилберт Полисен, представитель голландской полиции. Тем не менее, эксперты JIT призвали свидетелей события и всех, кто обладает полезной для следствия информацией о трагедии и о 53-й зенитной бригаде, выйти на связь на условиях анонимности. Версия JIT созвучна версии частной разведывательной компании Bellingcat — она указывала на принадлежность «Бука» российским войскам, опираясь при расследовании на открытые источники.
«Это старая история, которая была вброшена в информационное поле еще тогда же, в 2014 году», — прокомментировал пресс-конференцию постпред России при Евросоюзе Владимир Чижов. В Министерстве обороны РФ отметили, что российские зенитные ракетные комплексы никогда не пересекали украинскую границу. В министерстве также добавили, что Москва передала следствию доказательства причастности Украины к катастрофе. По версии российских военных, самолет сбили из украинского «Бука».
Президент России Владимир Путин заявил, что Москва не признает результатов расследования, если к нему не будут допущены российские специалисты. «Наше отношение к делу такое: мы изначально предлагали совместную работу по расследованию этой трагедии, но, на наше удивление, нас к этому расследованию не допускают», — сказал он.
В 2015 году Малайзия предложила Совету Безопасности ООН создать международный трибунал для установления виновных в крушении «Боинга» и их судебного преследования. Большинство стран-членов Совбеза ее поддержали, однако Россия заблокировала принятие документа, воспользовавшись правом вето. Тогдашний представитель России при ООН Виталий Чуркин отметил, что предлагаемый трибунал «лишен какой-либо правовой и прецедентной основы». Австралийский министр иностранных дел Джулия Бишоп пообещала, что виновные «не смогут спрятаться за российским вето и все равно будут наказаны».
Концерн «Алмаз-Антей», изготовитель системы «Бук», провел тесты на кабине списанного самолета «Ил-86» и пришел к выводу, который согласуется с официальной позицией Минобороны России — ракета была запущена в районе поселка Зарощинское в 50 километрах к востоку от Донецка и восьми километрах к югу от Шахтерска. Эта территория на момент случившегося была подконтрольна украинским войскам. Кроме того, по словам Минобороны, ракеты 9М38 на вооружении российской армии не стоят.
Российская сторона неоднократно высказывала разные версии — например, Первый канал публиковал «снимки» уничтожения Боинга украинским самолетом Су-25. Публиковалась и «секретная полетная карта» штурмовика под управлением летчика ВСУ Владислава Волошина. В марте 2018-го он покончил с собой — это произошло на фоне сложных отношений с губернатором Николаевской области Алексеем Савченко.