Главкоматы и командования видов и родов Вооруженных сил России весной 2013 года получат сокращенные в ходе реформы бывшего министра обороны Анатолия Сердюкова должности и полномочия. Как пишет газета "Известия", соответствующее решение принял министр обороны России Сергей Шойгу. При этом речи о возврате к старой системе работы главкоматов не идет; по словам источника газеты, будет создана принципиально новая схема работы.
При Сердюкове функции главкоматов были переданы военным округам, а в самих командованиях соответствующие управления сохранились лишь номинально. В рамках реформы Вооруженных сил планировалось построить трехзвенную систему: Генштаб - военный округ - бригада. Позднее к ней добавили армию. При этом прежнее руководство Генерального штаба считало главкоматы и командования видов и родов войск избыточными.
В результате реформы численность главкоматов была сокращена. При этом за командованиями остались лишь функции планирования развития войск - проработка тактики и выбор новых образцов вооружения и военной техники. До реформы главкоматы на своем уровне дублировали Генштаб, имели свои управления связи и разведки, а также штабы.
В настоящее время разрабатывается новая система боевого управления, в которой в цепочку "Генштаб - округ - армия - воинская часть" будут включены главкоматы и командования. Подробности такого включения главкоматов пока неизвестны. Ранее сообщалось, что Шойгу принял решение вернуть учебные летные центры в подчинение Главкомата ВВС России, которые при Сердюкове планировалось передать департаменту образования Министерства обороны.
В конце октября стало известно, что Главкомат ВВС России планируется сократить со 112 до 56 человек с передачей части функций командования на уровень командований военных округов с одновременной реорганизацией управлений в отделы. Аналогичная реформа ожидала и Главкомат ВМФ России.