Ученые Гарвардского университета в США и Университета Данкук в Южной Корее обнаружили несколько генетических разновидностей коронавируса SARS-CoV-2, отличающихся друг от друга нуклеотидными последовательностями в РНК-геномах. Однако пока неизвестно, связано ли это разнообразие вирусов с исходом заболевания COVID-19 и может ли повлиять на разработку вакцины. Результаты научной работы доступны в препринте, опубликованном в репозитории bioRxiv.
Исследователи проанализировали одноцепочечные РНК-последовательности вирусов, выделенных у 11 132 пациентов с SARS-CoV-2 и хранящихся в базе данных GISAID, которая содержит информацию о полных или частично секвенированных геномах коронавируса. Они попарно сравнили 2540 нуклеотидных последовательностей, определяя нуклеотидные замены — точечные мутации, при которых один нуклеотид РНК-последовательности заменяется на другой. Таким образом был измерен уровень сходства между геномами SARS-CoV-2 у пациентов со всего мира.
Ученые выявили четыре обособленные ветви (кластера) среди европейских и североамериканских образцов вируса. Две из них являются преимущественно европейскими, одна характерна для США, а последняя представляет собой смесь случаев заражения в США и Европе. При этом только одна преимущественно европейская ветвь непосредственно связана с вирусами из Китая. Последние образуют кластер «оригинальных» вирусов, которые попали в Европу и США из Азии. Еще одна ветвь содержит геномы из Европы, Японии, Австралии и Новой Зеландии.
Таким образом, геномы коронавируса варьируются в зависимости от региона, и существуют различия между вирусами из Азии и из западных стран. Изначально генетический состав SARS-CoV-2 был более однородным, однако затем стал разделяться на отдельные ветви. Распространение вируса по миру привело к большему разнообразию геномов. Результаты анализа соответствуют картине развития пандемии, заключают авторы работы. По мнению исследователей, усилия по разработке вакцины должны учитывать генетическую изменчивость возбудителя COVID-19.